在18亿亩耕地数量保护方面，中国上下已基本达成共识，但对耕地质量保护，却做得很不够。目前，农民用地不养地，大量化学肥料和农药造成耕地退化，农业环境污染不但没有得到有效遏制，反而愈演愈烈。有关部门在太湖流域调查发现，2008年太湖蓝藻卷土重来，甚至比往年发生得更早。究其原因，是农民沿湖使用大量化肥和农药，农业环境污染造成蓝藻无法从根本上消除。
为减少化肥污染，提高耕地产量，农业部接受有关专家建议，从2005年开始，推行一项全国性的耕地施肥新措施，即根据土壤的实际需求确定施肥量。科学家们称其做法为“测土配方”施肥。其依据是，目前农民施加的肥料中，60%～70%并没有被庄稼利用，而是贡献给了地下水，或残留在土壤中。项目实施3年后，全国已累计推广测土配方施肥面积达9亿亩次。然而，从全国化肥实际用量看，配方施肥并没有使化肥用量减少下来，反而持续增加。2005年全国化肥用量为4766万吨、2006年为4927万吨，2007年全国消耗化肥5108万吨，是年粮食总产量为5.15亿吨。这就是说，每施加1斤化肥，仅换回10.08斤粮食，这个值比30年前大大下降。全国化肥用量每年增加近200万吨，耕地质量退化和环境污染达到了惊人的程度。
或许有人认为投入力度不够，才影响了测土配方施肥效果。实际上，几年来，中国已经安排专项资金20多亿元用于配方施肥补贴，仅2008年农业部就安排了11.5亿元补贴资金；2009年中国还将继续增大投入。其实，笔者认为，补贴资金不是限制因素，而配方施肥本身的合理性才是最关键的。
测土配方施肥的目标是减少化肥用量，并提高粮食产量，实现资源高效、环境保护和提高耕地质量等综合目标，这个出发点无疑是正确的。但是，配方施肥依然施的是化肥，化肥如同土壤的药物，“是药三分毒”，在提高产量的同时，其副作用也逐渐显露出来。另外，中国化肥生产一直在增加，仅全年上半年全国就生产化肥3000万吨。各种销售网络也在向农民兜售化肥，农民在实际操作中对化肥产生了强烈的依赖。在这样复杂的形势下，仅靠专家们开出的“施肥配方”是难以奏效的。
其实测土配方施肥是治标不治本的做法。在试图解决耕地污染和提高产量的宏伟工程中，科学家、政府官员、农民三方面的利益分配问题才是最主要的。目前的资金去向是，主管项目的科学家获得了大量研究经费，各级农业政府官员，土壤肥料站得到了大量补贴、农民却没有得到实际好处，反而增添了麻烦。农民不会为种地去取土样找土肥站去化验，即使不要他们花钱。测土配方施肥理论上可行，但具体操作困难。农民嫌麻烦，没有积极性；但科学家和各级农业官员有好处，积极推进。这就出现了测土配方施肥工程中“一头凉、一头热”的局面。
在配方施肥中，农业部门一包到底：从土壤测试、配方设计、田间试验、效果评价、组织管理、监督检查等所有环节，几乎都由农业部门包揽，甚至连配方肥的生产也由农业部门承担，导致测土配方施肥补贴由农业系统独享。这样，配方施肥不是肥了耕地，也不是农民，化肥用量怎能够减得下来？另外，测土配方项目补贴金额发放与验收都由内部人员说了算，“农业三站”形成特殊利益共同体，不愿奔赴田间地头开展扎实的农技服务。一些基层农技部门玩数字游戏，以骗取国家补贴。
在实际操作中，一个“药方”难以解决耕地的营养问题。耕地是个非均质体，农民常说“一步三换土”，就是这个道理。有人曾从半公顷耕地中，随机获取50个土样送检，其化验结果最大值和最小值相差几倍，用来配方的有效养分怎能做到科学合理？
其实，即使不搞配方施肥，将秸秆中含有的“肥料”通过一定的措施“过腹还田”，增加有机肥，地会越种越肥，化肥用量必然下降。我们的试验数据显示，在有机肥施用量75吨/公顷前提下，在目前基础上减少一半化肥用量，玉米籽粒产量仍高于施常规化肥的产量。中国如将一半的秸秆 “过腹还田”，可增加牛粪32.8亿～38.3亿吨，折合2835万～3310万吨硫酸铵。遗憾的是，这些“肥料”被农民在田间地头烧掉了，每年再向耕地中增加化肥。
因此，解决耕地污染和提高耕地质量的合理途径，是大力发展生态农业，循环利用农业废弃物，恢复受损的耕地。中国人口多、耕地少，且农民勤劳，有着几千年农耕历史，这样的国情适宜发展精耕细作的农业。如果中国能够对养殖积肥的农民或对有机肥耕种者实施直接补贴，则可避免配方施肥缺陷，有效利用国家资金。这才是将复杂问题简单化的做法。
