然而，保护区本身也存在着“泥菩萨过河自身难保”的生存问题，前面提到的22名院士联名呼吁对国家级自然保护区进行投入，核心内容是要求将保护区管理人员的工资能够发出来。在那次呼吁之前，全国许多自然保护区仅仅是挂了牌子，机构虽有，但是工资是没有着落的，只有靠保护区自养，自养的结果就是与当地老百姓争利益。
中国的自然保护区的建设工作从一开始就被视为是抢救性的，而非从容不迫的。1956年9月，第一届全国人大第三次会议召开，5位著名生物学家联名动议：急应在各省（区）划定若干自然保护区（禁伐区），为国家保存自然景观，也为科学研究提供据点。这个编号为“92”的提案，对遏制建设时期急剧破坏的生态环境具有重要意义。当年，广东鼎湖山自然保护区建立，拉开了保护自然资源、抢救珍稀动植物的序幕。到1965年，南到西双版纳，北至长白山在内的19处保护区被划定。
自然保护区在1990年代进入了快速发展时期。截至2003年底，全国各类自然保护区1999处，国家级的226处，保护区面积逾1.4亿公顷，占国土总面积的14％左右。保护区数量较40年前翻了100倍，面积更飙升215倍，自然保护区面积与国土面积的比例已经超过了世界平均水平，可谓成绩喜人。然而，在各类型的自然保护区内，无论是草原、森林、海洋，都存在着被破坏的情况，这是无法回避的事实。其中，又以人类活动最频繁的湿地保护区破坏最为严重。
那么，谁在伤害自然保护区？一是“穷人”，二是“富人”。“穷人”，可能是当地政府，也可能是当地居民。对于贫穷的农民们来说，青山绿水当不得馍吃，任何过上好日子的机会都是难以拒绝的诱惑。在甘家湖白梭梭自然保护区，农民们盗采药材，不放过每一株，把保护区挖得千疮百孔。严格说来，贫穷，而非贫穷者，才是自然保护区的敌人。“富人”往往是外来的财团或者公司。他们对保护区的侵占往往一占就是50年、70年。他们往往以利益最大化为目的，进行的多为掠夺性的经营开发。
多头管理也是目前中国自然保护区的一大“中国特色”。中国的自然保护区分森林、湿地、荒漠、野生动物、野生植物、草原、海洋、自然遗迹、古生物遗迹等9大类型，前5种属林业部门主管，数量最多，达1538处，国家级的164处，后4种类型中，草原归属农业部，海洋属于国家海洋局，而自然遗迹、古生物遗迹的行政管理权则属于地矿部门。四大行政管理部门之外，又由国家环保总局进行综合协调。各个行政部门根据各自的法律法规来划定保护区，常常会出现交叉、“撞车”现象。一种类型的自然保护区，有可能林业也在管，环保也要管。
在保护区管理体制上，还面临着另一大难题，这就是业务指导与实际管理权的分离。一个自然保护区产生的流程是：由地方行政主管部门提出可行性报告，交由当地环保局审查，若是地方级自然保护区，则由当地政府审批；若是国家级自然保护区，就报中央政府审批。批准后，保护区的人员组成、工资待遇、经费开支等，全由地方政府承担，国家林业局、农业部等中央行政主管部门，只对保护区进行业务指导。一边是业务主管，一边是衣食父母，当地方利益与生态保护发生矛盾时，保护区的管理者该怎么办？
按照国外的经验，保护区费用纳入中央政府财政总预算，自然保护区实行垂直管理。不过以我国的经济发展现状和中央政府的实力，还做不到‘大包大揽’，只能在现有格局下努力改善。按照我们目前的管理体制，自然保护区划定后，担子几乎全落到了地方政府头上，客观上造成“多数人受益，少数人负担”的现象。
我国的自然保护区40%位于西部地区，在我国592个贫困县中，183个有国家、省、市、县等各级保护区228个。捉襟见肘的地方财政无力支持保护区事业，许多保护区不得不实行“自养”，投入的长期匮乏，使得部分保护区有名无实。一个很明显的事实是：生态保护成效跟经济发展程度紧密相关。广东、浙江等经济发达地区，自然保护区所需经费全部纳入了省级财政预算，生态保护在全国最为良好。而在西部地区，除一处国家级保护区由中央财政统管外，其他全归属于地方，其保护能力相对薄弱。
保护区的另一个尴尬是，当遇到经济发展与自然保护冲突时，就修改保护区规划或者干脆取消了自然保护区规划。我就亲历过两次这样的经历，一个是在云南怒江，另外一次是在锡林郭勒正蓝旗。
在怒江开发的环境问题争论中，关于野生动植物资源以及世界遗产保护的呼声很高，这就影响了水电开发的正常进行。其中亚碧罗电站坝址离世界遗产5.54公里，库尾2.72公里，马吉水库离世界遗产距离更近，坝址2.21公里，库尾仅810米。要世界遗产还是水电站，地方政府看来还是热衷于后者，寻找各种理由继续开发。那么，他们采取的什么措施呢？无法是在纸上做文章而已，即改变原来的保护计划，修改核心区。他们向外界宣称，“三江并流”的保护地域在海拔2000米以上，而水电开发都控制在2000米高程以下，这样就以高程的变化轻描淡写了对公众对世界遗产因水电建设而受到影响的的担忧。
怒江水电规划中的13个梯级电站，在石头寨以上的9个都在这个区域之内。现在他们提出一个“区域划出，高程控制”的原则，这个原则就是说把整个怒江的流域，2000米以上定为世界遗产的保护区，其中包括核心区和缓冲区。2000米以下作为实验区，实际上这个高程控制的说法在三江并流世界遗产的申报文件和联合国教科文组织的批准文件当中并没有，后来提出来主要是为了给水电工程上马开绿灯。用一个山地等高线来肢解世界遗产地，这种做法应该说是罕见的，而且它无视作为一个整体的三江并流，它这么一个垂直的自然生态系统和景观系统保护的要求。另外，它把三江并流的三江，排除在世界遗产的核心区域之外，从而也破坏了世界遗产的完整性的原则，这是《保护世界文化和自然遗产公约》，中国《自然保护区条例》和《风景名胜区管理条例》所不允许的。然而，即使世界遗产类型的自然保护区也不能阻挡利益集团修建水电站的热情，怒江水电站还是在一片争议声中悄然上马了。
2003年7月, 我们在浑善达克沙地进行生态恢复第4个年头，由于采取可尊重自然规律的做法，减少了人为压力，没有了大牲畜的啃食，生态恢复效果异常明显。“我们小的时候，草原就是这样的”，时任内蒙古正蓝旗党委书记斯琴毕力格看到我们恢复起来的高草，高兴地对我说。“何不将这里建成自然保护区呢？这样就能够扩大我们的恢复效果”，当时我向斯书记建议。之所以提出这样的建议，是因为在实际恢复过程中，中国的四大沙地具有非洲萨王那类型的生态景观，且，总面积达近16.5万平方公里，相当于67.6%英国国土面积。且四大沙地特殊景观类型并没有引起人们重视，浑善达克沙地尚保留了比较好的恢复基质，容易恢复，如果建立保护区将非常有利于该特殊生态类型的抢救式保护。我当时的思路是规划设计成世界生物圈保护区，当然我还担任
中国人与生物圈国家委员会的副秘书长，已与巴黎沟通，可促成该保护区的建立。
我的想法与斯书记一拍即合，中国科学院植物研究所很快与正蓝旗人民政府签订了合作协议，首批生物圈保护国规划经费10万元已到了课题组，我也安排了一个博士生专门做这个规划。然而，正当规划进行到中途时，旗里发生了人事变动，斯书记调任了新的工作岗位，书记换了人，新派来了一个姓李的女旗长负责该项工作。这位李旗长不了解什么事保护区，当听到有人告诉她建立了自自然保护区就不能开发资源时，她就对项目不热心了；后来，有听说我们拟保护的沙地榆稀树疏林草地系统核心区里发现了铁矿，于是，她就更不愿建保护区了，单方面撤销了合作协议。至今，中国四大沙地这一重要生态景观没有建立起自保护区来。这一晃8年就过去了。
